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    根据考古资料，1970年在台湾台南县左镇乡发现了一块人类头顶骨的化石残片，时间距今约二万到三万年前，属于旧石器时代后期的遗物。以后又陆续发现了六件人头骨片化石，被定名为“左镇人”，这是迄今被发现的最早的台湾居民，与北京周口店的山顶洞人有亲缘关系，应该是从大陆移居台湾的。

    1968年，考古者在台东县长滨乡八仙洞出土了6000多件打制石器和100多件骨角器，时间约在一万五千多年前。其石器由砾石打制，属于旧石器时代的器物，石器的种类和制作技术与大陆东南部的同时代出土文物相近。这些石器等物，被定名为“长滨文化”。 根据这些出土文物推测，当时的人们过着渔猎和采集的生活，居于洞穴之中。至于“左镇人”、“长滨文化”的主人与现在台湾少数民族是何渊源关系，目前尚有争论，但有学者认为他们才是台湾真正的原住民。

    进入新石器时代，台湾的文化遗存显著增多。1958年，考古者在台北县八里乡的大坌坑发掘出了大量的石器和陶器碎片，时间约为7000余年前到5000年前，被命名为“大坌坑文化”。大坌坑文化的分布较广，其石器有打制石器、磨制石器，有大量的石斧、石凿、石锛、石箭镞等，其陶器有碗和瓿，陶片上布满绳纹，这些文物与大陆东南沿海的新石器文化有共同之处，即都有绳纹特征。

    自4500年前到2000年前，台湾进入圆山文化时代。以台北市的圆山贝丘遗址为代表，出土了大量的石器、陶器、骨角器、玉器及少量青铜器。石器的制作已有很大的进步，其有肩石斧、有段石锛和大型磨光的石器同属大陆东南沿海的新石器文化系统，有学者据此认为圆山文化的创造者是从大陆移居台湾的。与圆山文化同时并延续到四、五百年前的凤鼻头文化遗存，同样具有大陆东南沿海文化遗存的特征，特别是与福建闽侯昙石山文化遗存最为相近，说明当时褔建、台湾的居民已有紧密的联系和往来。

    台湾新石器时代的文化还有卑南文化，距今约三千年。其遗址位于台东县卑南大溪右岸河阶，因遗址矗立岩石柱而被考古者注意，发现时间已过百年。经过多次发掘，出土了大量的石棺、石器、陶器、玉器等物。从遗物分析，卑南文化的主人已经经营原始农业，兼营渔猎和采集，有了定居的生活，有衣服及饰物，也有祖灵的思想。其遗物特征与大陆东南沿海的同时代文化亦有相似之处，证明卑南文化的主人与大陆有着密切的血缘与地缘关系。

    自秦朝统一中原后，台湾与大陆的联系就更为紧密。据史载，三国时吴国孙权于公元230年派将军卫温、诸葛直率甲士万人航海到达台湾岛，并带回当地居民数千人，这是见于正史记载的大陆政府第一次经略台湾，同时也进一步加深了大陆人民对台湾的认识与了解。东吴的丹阳太守沈莹即依据此行的经历或传闻，著有《临海水土异物志》一书，说当时的台湾先民居于山溪，各有部落统属。使用各种石器和骨器，种植五谷，兼营渔业。有纺织业，能作细布，并饰以花纹。以粟为酒，唱歌娱乐，有猎首的风俗和已婚女子凿去前齿的习俗，而且这些生产生活习俗与大陆浙南闽北一带的“安家之民”颇为相似。这是大陆学者第一次记述台湾的居民与风物，也已认识到海峡两岸的渊源关系，并为后人提供了极其宝贵的研究资料。 隋朝时，羽骑尉朱宽两次奉命到台湾访求异俗，得一台湾居民和布甲还。610年，隋炀帝令虎贲郎将陈稜和朝请大夫张镇周率军万余渡海到台湾抚谕，最后载50户台湾居民而还。依据此次实地考察，《隋书•流求国传》对台湾作了较详实的记载。当时台湾的生产水平尚低，属金石并用时期，铁器少，多用作武器，农作时使用石器，刀耕火种，有稻梁豆诸作物，饲养猪鸡。将树皮、苧麻、畜毛杂织为衣，以珠贝鸟羽为饰。男子拔毛，女子文身，婚姻关系较自由。已有物候历以纪岁时。好相攻击，尚有食人之风。社会组织为原始公社制，公共事务民主议定，人皆平等。台湾与大陆的民间交流活跃，因而隋军船队到达时，台湾居民误以为是商旅船队，往往主动到隋军中交易。

    唐宋时，大陆经济高度发达，海上交通贸易十分活跃，因而有不少大陆人移居澎湖、台湾本岛从事开发，如此增加了大陆对台湾的认识并提升了台湾的重要性。南宋时，中央政府正式将澎湖诸岛隶属于福建省晋江县管辖，澎湖被纳入大陆版图。元朝政府在13世纪后期，设隶属于泉州路同安县的澎湖巡检司以管理澎湖、台湾等岛屿的民众，这是台湾本岛第一次被纳入中央政府的直接管辖。宋元时中央政府对台湾岛屿的正式设治，进一步加强了两岸间的交流与了解，南宋赵汝适的《诸蕃志》、元代汪大渊的《岛夷志略》都专门谈及台湾同胞，《宋史》、《元史》、《文献通考》诸书也对台湾有所记载，可见当时两岸政治与经济贸易关系的进一步加强。