从左至右分别为陈焕章、沈曾植、姚文栋、李佳白从上海迁至北京孔教会在上海创立之后，迅速产生发酵作用。因其简章中有“支会分会”一条：“本会于国内各县皆设支会，各市镇皆设分会，于外洋各埠亦设支会分会，其重要地点或合若干支会特设一支会联合部。”因此各地纷纷有支会、分会创办，仅在上海本地（以今日上海辖区而言）的支会便有上海、松江、青浦、嘉定、宝山、南汇等数处。
但毕竟1912年初，临时政府北移，政治中心早已转到北京。而孔教会成立之初，在《孔教会开办简章》中已言明：“本会暂设总会于上海……将来或迁于首都。”同时伴随的是1912年3月任临时大总统后的袁世凯先后颁布了一系列保守孔教的通令文告，一反南京临时政府时期的废孔废经论调，如1913年6月22日颁布《尊崇孔祀令》、1913年11月26日颁布《尊孔典礼令》、1914年2月7日颁布《规复祭孔令》、1914年2月20日颁布《崇圣典例令》等等。如《尊崇孔祀令》云：“近自国体改革，缔造共和，或谓孔子言制大一统，而辨等威，疑其说与今之平等自由不合，浅妄者流，至悍然倡为废祀之说，此不独无以识孔学之精微，即于平等自由之真相亦未有当也。”故通过“国务院通电各省，征集多数国民祀孔意见”，当时因未收齐回复，但通令称：“俟各省一律议复到京，即查照民国体制，根据古义，将祀孔子典礼，折衷至当，详细规定，以表尊崇，而垂久远。”因此在孔教会看来，尊孔氛围相较于民国肇始时，已渐趋有利。
1913年4月8日，中华民国第一次国会正式开幕，到6月底宪法起草委员会成立。在此之后，该委员会便开始制定民国第一部宪法。当日宪法起草，分为大纲和条文两部分。大纲十二条草拟后，于1913年8月2日宪法起草委员会第四次会议开议，到9月23日第二十一次会议议毕。但在9月23日这次会议中，除了大纲之外，尚有经表决应列入议题者，其中就包含孔教问题，是为孔教定为国教案之发轫。故在此形势下，1913年6月底，陈焕章便北上到京，当时孔教会已有请定国教的计划，并“决定在太仆寺街衍圣公府内设立本会事务所”，而在京的活动主要便是联络“一国之彦”，请定孔教为国教，开始自觉卷入到民初政治的漩涡之中。
到同年10月，在《孔教会杂志》的通告中，还可看到北京总会虽已成立，但事务尚南北分治，上海仍专门负责《杂志》的编辑出版。不过到了12月12日，孔教总会曲阜事务所又宣告成立，在该事务所开幕通告文中已经明言当年大成节时即定“将总会移至北京”。此后上海事务所地位下降，虽名义上与北京、曲阜并为主要事务所之一，但北京为国教运动之中心，而曲阜则为孔教大会举办之所，在实际上均以北方二所为重。而孔教会在上海发起的史事，也渐渐成为该会的一段“前史”，为人淡忘。
